Die größte und gleichzeitig älteste Wittlicher Pfeifenorgel befindet sich in der Pfarrkirche St. Markus.

Die bewegte Geschichte dieser Orgel beginnt im Jahre 1767, als die Hofrätin Maria Theresia Fier 1000 Thaler "zur Errichtung einer Orgel in hiesiger Pfarrkirche" stiftete. Weitere 664 Thaler wurden von anderen "Gutthätern" bereitgestellt, so dass im Februar oder März des Jahres 1769 die Orgelmacher Peter Schreiber (1732-1795) und Nikel Schreiber (1727-1776) aus Dusemond an der Mosel (heute Brauneberg) die neue Orgel fertiggestellt hatten.

Diese erste Orgel hatte zunächst 32 Register verteilt auf Hauptwerk, Rückpositiv und Pedal. Peter Schreiber hatte nachweislich einige Zeit in der Werkstatt seines Onkels Mathias Schreiber (1716-1771) in Glückstadt bei Hamburg mitgearbeitet. Mathias Schreiber stammte ebenfalls aus Dusemond und war seit 1750 als Orgelbauer und Weinhändler in Glückstadt ansässig. Diese Tatsache erklärt leicht die typisch norddeutsche Prospektform der Wittlicher Orgel. Der sogenannte "Hamburger Prospekt" ist im hiesigen südwestdeutschem Raum für diese Zeit absolut einmalig.

Einige unscheinbare Gehäusedetails könnten aber auch auf den Einfluss des bedeutenden Trierer Orgelbauers Roman Benedikt Nollet (1719-1779) hindeuten, dessen Sohn Johann Bernard Nollet (1748) im Jahrione 1772 in Dusemond lebte. Des weiteren gab es verwandtschaftliche Beziehungen zwischen der Familie Schreiber und der berühmten Orgelbauerfamilie Stumm aus Rhaunen/Hunsrück. Über die genaue Umstände beim Bau dieser Orgel ist nur wenig sicher belegbar, und man kann lediglich weitere Spekulaten anstellen: Eindeutig ist der norddeutsche Stil. Hatte Peter Schreiber seine Erfahrungen aus der Mitarbeit in Glückstadt hier umgesetzt, oder hatte Matthias Schreiber beim Bau in Wittlich sogar mitgearbeitet? Nicht zu vergessen ist auch der Weinhandel;

Vielleicht hatten Peter und Nikel Schreiber, die nachweislich auch Weinberge besaßen, ihre Moselweine nach Glückstadt verkauft. Auf dem Rückweg könnten auf dem dann leeren Fuhrwerk Teile einer gebrauchten älteren norddeutschen Orgel nach Wittlich transferiert worden sein. Über einen einschneidenden Umbau im Jahre 1848 gibt es detailierte Informationen. Der Orgelbauer Heinrich Wilhelm Breidenfeld (1789-1875) hatte zunächst in Münster gearbeitet. Auf Empfehlung des dortigen Domkapellmeisters erbaute er 1837 in Trier eine neue Domorgel.

Er blieb in Trier, und es entstanden zusammen mit seinen Söhnen bis 1897 weit mehr als 61 Neu- und Umbauten. Breidenfeld wurde auch mit dem Umbau in St. Markus betraut. Das barocke Rückpositiv wurde entfernt, und in das verbleibende Hauptwerk- und Pedalgehäuse wurde ein gänzlich neues Orgelwerk nach den damaligen Orgelbaugrundsätzen eingebaut. Die Orgel besaß nun 25 Register auf zwei Manualen und Pedal.

Ein weiterer großer Umbau fand 1958 statt, ausgeführt durch den Bonner Orgelbauer Johannes Klais. Dabei ging man davon aus, dass der Zustand vor 1848 der Ursprüngliche sei. Durch Hinzufügung eines neobarocken Rückpositives und durch Verlegung des Spieltisches an die Vorderseite des Hauptgehäuses wurde 1958 ein Bauzustand ähnlich dem von 1769 hergestellt. Das dritte Werk wurde dabei als Schwellwerk realisiert und die Orgel erhielt eine gänzlich neue Disposition. Glücklicherweise wurde ein großer Teil der Pfeifen von 1848 wiederverwendet.

Im Jahre 2000/2001 wurde die Orgel von der Orgelbaufirma Hubert Sandtner aus Dillingen/Donau grundlegend technisch saniert. Es folgte 2019 der Einbau einer Setzeranlage mit 10.000 Kombinationen.  

2025 erfolgte der letzte große Umbau der Orgel. Da durch die Sanierung der Kirche Staub in die Orgel eingedrungen war, musste das Instrument grundlegend gereinigt werden. Die Chance wurde genutzt, um den Manualumfang bis g³ zu erweitern (bisher f³) und im Pedal 32‘-Register einzubauen. Durch den begrenzten Platz auf der Empore ging das nur rein elektrisch. Drei große Lautsprecher sorgen seitdem für einen deutlich tieferen Klang des Pedals.